eu estou tentando ler dados .xrdml dentro de um complexo conjunto de r

votos
0

Eu estou tentando ler vários arquivos do tipo .xrdml e combiná-los em uma única trama de dados com uma etiqueta intuitiva. O problema é que esse tipo de arquivo tem uma grande metadados.

Eu tentei o seguinte

pacote exigido

library(rxylib)

Coisas que eu tentei

temp = list.files(pattern=*.xrdml)
xyz<-do.call(rbind,sapply(temp, read_xyData,verbose = TRUE,metaData = FALSE))

Acabei com uma lista, eu posso chamar cada membro da lista, utilizando, por exemplo, xyz`2`

          2Theta    V2
   [1,]  4.006565  3496
   [2,]  4.019695  3417
   [3,]  4.032826  3520
   [4,]  4.045956  3516
   [5,]  4.059086  3480
   [6,]  4.072217  3343
   [7,]  4.085347  3466
   [8,]  4.098477  3552
   [9,]  4.111607  3425
  [10,]  4.124738  3384

se eu tentar achatar a lista usando a função de itens não listados, em seguida, o resultado torna-se confuso

o que eu gostaria de fazer é ler em todos os arquivos e combiná-los por coluna, cada arquivo tem primeira coluna em comum ou seja, 2 Teta. eu também gostaria de usar a peça única de cada título do arquivo para rotular V2

meus arquivos têm títulos como BBHD-FASS_4-70_step01_40s_ LM 11_5 .xrdml. O que eu espero ser capaz de fazer no final é ter uma trama de dados semelhante ao exemplo abaixo

2Theta   LM 6-26  LM 6-27  LM 6-28 LM 4-10 LM 4-11 LM 4-12
4.006565    3576    3535    3677    3576    3535    3677
4.019695    3526    3552    3662    3526    3552    3662
4.032826    3584    3581    3657    3584    3581    3657
4.045956    3489    3535    3539    3489    3535    3539
4.059086    3496    3507    3525    3496    3507    3525
4.072217    3335    3466    3628    3335    3466    3628
4.085347    3353    3456    3444    3353    3456    3444
4.098477    3430    3479    3588    3430    3479    3588
4.111607    3334    3547    3535    3334    3547    3535
4.124738    3424    3342    3439    3424    3342    3439
4.137868    3349    3384    3459    3349    3384    3459
4.150998    3318    3395    3413    3318    3395    3413
4.164129    3208    3490    3457    3208    3490    3457
4.177259    3357    3295    3519    3357    3295    3519
4.190389    3254    3372    3450    3254    3372    3450

Aqui estão amostras dos meus arquivos de arquivos de amostra

Infelizmente, eu passei tanto tempo já tentando várias coisas que não funcionaram.

Eu vou ser muito grato por qualquer ajuda ou orientação posso obter sobre como abordar este problema.

Publicado 02/09/2018 em 05:37
fonte usuário
Em outras línguas...                            


1 respostas

votos
4

Para obter os dados que você precisa para encontrar a posição correta na lista de dados que são retornados por read_xyData. Você pode fazer isso olhando para str(lst)baixo. Para chegar ao uso de dados ...$dataset[[1]]$data_block. (pode haver funções extrator no pacote, mas eu não tenho verificado)

# download data : link dead
#download.file("https://ucc93bf0aa50821e11b95c9530f5.dl.dropboxusercontent.com/zip_by_token_key?_download_id=9101556320431172280658295109635067362614982268430911643523348&_notify_domain=www.dropbox.com&dl=1&key=AV5mxk0trnetzASlH9_xJijTiGE55mUz0qa-x7JveZ7-Rdp3Z8i7GmwwQoWj8tUO14RKj51huhb5CuBdoxAC3WLuHvOMr7_bul691AmGpmwZgWWy0STezjFRnq0CVUR-iHNnZUHk9-t-i72nYODDpjXvo0PBhWTXwJuNWCSL4bnAauZREQtZwzNlspMF8PwZ37E9enf1WUUakLJwE43GbV2lAkuOTDghfcMmwokulIMEGA", destfile=temp<-tempfile())
unzip(temp, exdir=xdir<-tempdir())  

nms <- list.files(xdir, pattern="xrdml", full.names=TRUE)
# grab the names to names columns later
cnms <- gsub(".*(LM \\w+).*$", "\\1", basename(nms))


library(rxylib)

# loop through files to read in
lst <- lapply(nms, read_xyData, verbose = TRUE, metaData = FALSE)

# grab the data
dats <- lapply(lst, function(x) x$dataset[[1]]$data_block)

# rename second column
dats <- lapply(seq_along(dats), function(x) {
                          colnames(dats[[x]])[2] <- cnms[x] ; dats[[x]]})

# merge
alldat <- Reduce(function(...) merge(..., by="2Theta"), dats)
Respondeu 19/11/2018 em 18:07
fonte usuário

Cookies help us deliver our services. By using our services, you agree to our use of cookies. Learn more